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1、相比于傳統(tǒng)的扦插、嫁接，組織培養(yǎng)需要具備的條件更高些，而且對設(shè)備也有一定的要求，培養(yǎng)時要保證無菌的環(huán)境，需要一定的投入，并不是隨便在某個角落就能夠輕松的完成的。
2、組織培養(yǎng)首先要準(zhǔn)備合適的培養(yǎng)基，但是一種植株的品種很難找到合適的培養(yǎng)基，需要逐漸的實驗篩選，有一定的周期。這也給組織培養(yǎng)的普及，帶來一定的困擾。
3、組織培養(yǎng)較大的難點就是降低組培苗的污染率和提升組培苗移栽的成活率，組織培養(yǎng)雖然能夠培養(yǎng)出很多幼苗，但是適應(yīng)環(huán)境的能力還是有一定要求的，整體的技術(shù)和實踐要求進(jìn)而限制了組織培養(yǎng)的普遍應(yīng)用。
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